機能生物学、分子生理学、機能生物学概論資料集

次世代シークエンサーのデータをゲノムに貼り付けてみよう

まず、必要なものを揃える。

次世代シークエンサーのデータを処理するためにはLinuxのOSが必要になります。

MacはLinuxと非常に相性が良いため、そのまま使えます。

Windowsはよっぽど詳しくないと大変です。

僕はMacユーザーであるため、Windowsユーザーにあまりフォローできません。

講義では自分のノートパソコンを持参して、そこに必要なものをインストールし、貼り付けと定量の作業をしてみようと思います。

この作業は予めやっておいてもらうと助かります。

Macの場合

　「ターミナル」というソフトがデフォルトで入っています。これを立ち上げるともうその中はLinuxとして使えます。

この他には以下のものを入れておきましょう。

１） Xcode --- アプリケーションのApple Storeよりダウンロードしておきます。なるべく最新のものを。この時、新しいバージョンのOSを入れろと聞かれるかも知れません。

２） Homebrew --- https://brew.sh のサイトに飛びます。そこの説明にあるとおり以下のLinuxのコマンドをコピペし、ターミナルを開いてそこにペースとしてリターンを押します。

３）その他

Homebrewを入れておけば、あとは基本的には

brew install @@

でインストール可能です。ただ、気を付けないと時々移動して無くなってしまっているものがあります。

そういう時には先に brew tap brewsci/bio

をしておくとか解決することが多いです。

今回必要なものは、sratoolkit、samtools、bowtie2、bedtools、FastX_toolkit、igv

です。

FastX toolkitはこちらからダウンロード

詳しい説明はこちら。

この他、FastQC、hisat2とStringTieも入れておきましょう。

４）可視化はRを使います。

便利なのでRStudioをインストールしておきます。

Windowsの場合

Macの「ターミナル」に相当するものが「Ubuntu」、Homerewに相当するものがBiocondaと思っているのですが、詳しくないので間違っていたら教えてください。

詳しい解説をしていて参考となるページは以下にあります。

その他、同様の解説はいかにもあります。

その他、いろんなソフトの説明があるサイト。

Gene onthology

北海道大学　中川真一先生の解説

理研の二階堂先生のページ